城市基础设施配套费是否应该作为计征契税的依据，一直是纳税人与税务机关争议的热点问题，即使在税务机关内部，也是争议不断。
认为应该计征契税的主要依据：
1、《财政部、国家税务总局关于国有土地使用权出让等有关契税问题的通知》（财税[2004]134号）第一条的规定：出让国有土地使用权的，其契税计税价格为承受人为取得该土地使用权而支付的全部经济利益。（一）以协议方式出让的，其契税计税价格为成交价格。成交价格包括土地出让金、土地补偿费、安置补助费、地上附着物和青苗补偿费、拆迁补偿费、市政建设配套费等承受者应支付的货币、实物、无形资产及其他经济利益。（二）以竞价方式出让的，其契税计税价格，一般应确定为竞价的成交价格，土地出让金、市政建设配套费以及各种补偿费用应包括在内。
2、《关于明确国有土地使用权出让契税计税依据的批复》（国税函[2009]603号）规定，出让国有土地使用权，契税计税价格为承受人为取得该土地使用权而支付的全部经济利益。对通过"招、拍、挂"程序承受国有土地使用权的，应按照土地成交总价款计征契税，其中的土地前期开发成本不得扣除。
反对者则认为：
1、依据《中华人民共和国契税暂行条例》第四条规定，国有土地使用权出让的契税计税依据为成交价格。《中华人民共和国契税暂行条例细则》（财法字〔1997〕52号）第九条规定，条例所称成交价格，是指土地、房屋权属转移合同确定的价格。包括承受者应交付的货币、实物、无形资产或者其他经济利益。暂行条例及其实施细则作为契税最基础的法规，其他任何规定不能与之相冲突。
2、城市基础设施配套费是按城市总体规划要求，为筹集城市市政公用基础设施建设资金所收取的费用，在报批报建环节按建设项目的规划建筑面积征收，与土地面积、土地成交价格没有任何关系。因此城市基础设施配套费属于项目开发过程中的支出，不属于土地价款的组成部分，与契税的计税价格没有任何关系，不应该作为计征契税的依据。
实际工作中，各地的执行口径也不一致。比如《安徽省地方税务局关于建设项目大配套费计征契税问题的批复》（皖地税函[2012]306号）规定，建设单位和个人缴纳的建设项目大配套费即城市建设基础设施配套费、白蚁预防工程费、新型墙体材料专项基金和人防工程易地建设费等，应该列入计税依据，照章征收契税。而《成都市地方税务局财产与行为税处关于城市基础设施配套费暂缓计入契税计税依据的通知》（财行便函〔2017〕14号）指出，总局和省局均认为，房地产开发商在取得土地使用权后按开发的房产建筑面积向建委缴纳的城市基础设施配套费（一般计入开发成本）是在取得土地使用权之后环节发生的费用，该费用不是为取得土地使用权而支付的，应暂缓征收契税。
金典财税认为，城市基础设施配套费不应该计征契税。