超市最怕的部门包括：
政府工商部门：
工商行政管理局负责市场监管和行政执法，对个体工商户和私营企业的经营行为进行服务和监督管理。超市需要遵守相关法律法规，否则可能会受到工商部门的处罚。
市场监督管理局：
市场监督管理局有权对超市的食品安全和质量安全进行检查，确保超市遵守相关法规和标准。超市必须确保其商品符合食品安全要求，否则可能会面临市场监督管理局的处罚。
卫生监督所：
卫生监督所负责检查超市的卫生状况，确保超市符合卫生标准。超市需要保持高标准的卫生环境，否则可能会受到卫生监督所的处罚。
消防大队：
消防大队有权检查超市的消防通道和消防设施，确保超市符合消防安全要求。超市必须确保其消防设施齐全且有效，否则可能会受到消防大队的处罚。
食品药品监督管理部门：
国家食品药品监督管理总局负责全国生产、流通、消费环节的食品安全和药品的安全性、有效性实施统一监督管理。超市需要遵守食品药品监督管理部门的相关规定，确保其食品和药品安全，否则可能会受到处罚。
综上所述，超市最怕的部门主要是政府工商部门、市场监督管理局、卫生监督所、消防大队和食品药品监督管理部门。这些部门分别负责不同的监管领域，确保超市遵守相关法律法规，维护市场秩序和消费者权益。