花卉的管理部门主要涉及以下几个方面：
园林绿化部门
园林绿化行业的主管部门为住建部及各地建设行政管理部门。
各大中城市的绿化养护事务由当地园林绿化主管部门负责。
小区内的花木归小区物业管理。
农业部门
花卉生产归地方政府农业主管部门管理。
农业园林部门也涉及花卉的管理。
林业部门
绿化苗木的产销由国家林业局造林绿化管理司管理。
国务院林业行政主管部门主管全国林区内野生植物和林区外珍贵野生树木的监督管理工作。
其他部门
工商行政管理部门负责特殊行业的管理。
市林业局、市园林局、市容管理局和一些特殊地方的自然保护区管理局也涉及花卉的管理。
综上所述，花卉的管理部门可能是园林绿化部门、农业部门、林业部门或其他相关部门，具体归属需根据当地职能划分和实际情况确定。例如，城市市区的花木一般归当地园林局绿化处管理，而小区内的花木则归小区物业管理。