港澳通行证丢失后的补办流程如下：
在大陆地区丢失
个人签（G签）：需要到户口所在地的公安局出入境管理科挂失，并申请补办。
团队签证（L签）：直接汇报帮你办证的旅行社即可。
在港澳地区丢失
报警并获取报失证明：立即报警，携带内地身份证和入境白纸，前往最近的香港警署报警，获取《报警回执》和《受理须知》。
准备材料并申请临时通行证：
填写《中华人民共和国出入境通行证申请表》。
提交内地居民身份证或户口本原件（如无法提交原件，请提交复印件）。
提交香港警署出具的报失证明。
提交近期正面免冠彩色照片及照片回执。
现持用的往来港澳通行证及内地与香港相关签注（如适用）。
收费标准：普通件收费300港币，加快件收费450港币，如需递函审批，需另加200港币递函服务费。
领取临时通行证：在预定取证日期或之后，携带身份证明文件及《领取证件回执》领取临时通行证。
办理离境手续：凭临时通行证前往香港入境事务处办理离境手续。
建议：
尽快报警并获取报失证明，这是补办港澳通行证的第一步。
在港澳地区丢失通行证时，及时联系香港中国旅行社证件服务中心，按照要求填写申请表并提交所需材料，以尽快获得临时通行证并安排回内地。