挂靠公司开票的方式如下：
以被挂靠人名义开票
企业采用挂靠方式经营时，使用被挂靠人的资质，并以被挂靠人的名义对外经营。因此，应当以被挂靠人为纳税人，并由被挂靠人向付款方开具增值税发票。
一般纳税人开票
可以在能享受税收优惠政策的地区，注册一家一般纳税人的建材销售有限公司。然后，用这家建材公司给挂靠公司开具13%的材料发票。这样，增值税按照13%缴纳，但可以享受纳税额的25%—40%的扶持奖励，实际税负为7.8%—9.75%。
申请代开增值税发票
挂靠方需要到工程所在地的主管地税机关办税服务大厅申请代开增值税发票。申请时需要携带的资料包括工程合同、挂靠公司的税务登记证（如果是外地工程，还需携带“外管证”）以及经办人身份证。
发票内容
发票上应注明服务内容、金额等信息，并确保所有信息的准确无误。同时，要确保与挂靠车辆的个人协议符合税务规定，以便于正确纳税。
建议
选择合适的纳税人身份：根据具体情况选择是以被挂靠人还是挂靠人作为纳税人，以便合规开票和纳税。
利用税收优惠政策：如果可能，选择在税收优惠地区注册公司，以享受更多的税收优惠。
确保合规性：无论是挂靠方还是被挂靠方，都应确保所有开票和纳税行为符合税务法规，避免因违规操作而带来的税务风险。