快递公司纳税的一般流程如下：
网上申报
登录当地税务系统，如国税或地税的官方网站。
输入纳税人识别号和密码（首次登录后可以修改密码）。
在国税局网站首页，选择“办税服务厅登录”并进入。
在地税局官网，选择“电子税务局”并登录，可以使用手机动态码登录。
国税申报
进入国税局网站后，选择“国税纳税人登录”并进行登录。
在国税系统中，进行增值税和企业所得税的申报。
增值税的收派服务适用6%的税率，交通运输服务适用11%的税率。一般纳税人可以选择简易计税方法，按照3%的征收率缴纳增值税。
地税申报
进入地税局网站后，选择“电子税务局”并进行登录。
在地税系统中，进行增值税和企业所得税的申报。
增值税的收派服务适用6%的税率，交通运输服务适用9%的税率。
其他税种
除了增值税和企业所得税外，快递公司还需要缴纳印花税、城建税、教育费附加、地方教育费附加以及个人所得税等。
零申报
若公司当月没有业务发生，可以向税务机关进行零申报。但需注意，零申报并不意味着不需要进行任何税务申报，企业仍需按时向税务机关提交申报表。
财务报表
税务机关会根据《税收征管法》的规定，要求企业定期提交财务报表。财务报表不能为空白，必须反映企业已发生的支出和办理的相关手续。
分别核算
根据相关税法规定，快递企业需要对不同税目的销售额进行分别核算。如果未能分别核算销售额或划分不清，则需从高适用税率进行申报纳税。
建议：
快递公司在进行纳税申报时，应确保所有数据的准确性和完整性，避免因数据错误导致税务风险。
定期咨询专业的税务顾问或税务机关，以获取最新的税务政策和申报指导。