办理土元养殖证需要遵循以下步骤：
项目备案手续
个人或企业首先需要向当地畜牧部门提交项目建设书面申请，并获得镇人民政府的同意。
然后，畜牧主管部门会办理项目备案手续，审核通过后予以备案。
用地申请与备案
持有畜牧主管部门出具的项目备案表，个人或企业需要到国土资源部门提出用地申请，明确项目用地的选址、位置、范围和面积等。
需要与被用地的农村集体经济组织或土地承包经营权人签订土地出租或转包合同，如果是占用耕地，还需提供复耕保证书。
最后，携带项目备案表、土地出租或转包合同、平面布置图、位置图等相关文件资料，到国土资源部门办理用地备案手续，审核通过后予以用地备案。
环保手续
委托有资质的环评公司编写环评报告，并提交给环保局进行评审，评审通过后获得批文，完成环评手续。
动物防疫条件合格证
持单位法人身份证及相关行业营业执照，到当地动物检疫检验局办理《动物检疫条件合格证》。
工商登记
到当地工商局办理企业或个体工商户《营业执照》，如果是小型养殖，一般办理个体工商户《营业执照》即可。
税务登记证
根据相关管理办法建立完善的财务制度，持《营业执照》及《财务制度》到税务局办理《税务登记证》。
建设施工许可证
持《土地规划许可证》、《营业执照》、《动物防疫条件合格与环保证明》、《税务登记证》等文件，到建设局申请《建设施工许可证》。
需要注意的是，不同地区的具体流程和要求可能有所不同，建议在办理过程中详细咨询当地相关部门，以确保顺利完成养殖证的办理。