中科建设开发总公司（简称“中科建”）面临了一系列严重的财务和运营问题，主要包括以下几点：
资金链问题：
中科建由于资金链断裂，导致其无法继续通过借贷来维持运营。
债务黑洞：
中科建的债务总额高达700亿元人民币，其中债权人超过2000名。
破产预重整：
中科建已申请预重整，并且正式进入破产重整程序，负债总额达371亿元人民币。
法律问题：
中科建原法定代表人、总经理顾玮国因受贿罪被判处有期徒刑十五年，并处罚金人民币六百万元。
资产状况不佳：
中科建的资产总额远低于负债总额，货币资产仅3572万元人民币，且大部分银行账户被法院冻结。
子公司问题：
中科建有400多家子公司，其中部分子公司存在“挂靠”关系，利用中科建的国企身份进行融资。
政府赔偿问题：
中科建认为在葫芦岛项目上已支付超过15亿元，但海南政府方面未履行赔偿承诺。
金融借款合同纠纷：
中科建涉及与多家银行的金融借款合同纠纷，并承担连带偿还责任。
以上问题综合了中科建近年来的财务状况、法律诉讼、管理层问题以及与政府之间的纠纷。这些问题最终导致了中科建面临破产重整的境地