物流公司在运营过程中需要缴纳多种税费，具体包括以下几类：
增值税
一般纳税人：运输服务的增值税税率为11%，仓储服务为6%，装卸搬运服务为6%。
小规模纳税人：增值税征收率为3%。
企业所得税
一般情况：企业所得税税率为25%。
小型微利企业：年应纳税所得额不超过100万元的部分，减按25%计入应纳税所得额，按20%的税率缴纳企业所得税；超过100万元但不超过300万元的部分，减按50%计入应纳税所得额，按20%的税率缴纳企业所得税。
印花税
货物运输合同：印花税税率为万分之五。
仓储保管合同：印花税税率为千分之一。
其他税种
营业税：已改为增值税，不再单独缴纳。
城市维护建设税：根据增值税、消费税等税额计算缴纳。
教育费附加和地方教育费附加：根据增值税、消费税等税额计算缴纳。
房产税：自有房产用于经营需缴纳房产税。
土地使用税：自有土地用于经营需缴纳土地使用税。
车船税：拥有和使用车船需缴纳车船税。
个人所得税：代扣代缴司机的个人所得税。
车辆购置税：企业购买车辆需缴纳车辆购置税。
契税：公司购买房产需缴纳契税。
土地增值税：涉及房地产转让时需缴纳土地增值税。
建议
物流企业在运营过程中应充分了解并遵守相关税收法规，合理规划税务事宜，以降低税务成本并确保合规经营。同时，建议咨询专业的税务顾问或当地税务机关，以获取最新的税收政策和优惠信息。