员工体检的管理部门主要 取决于企业的内部设置和具体职责分配。以下是几种常见的情况：
人力资源部
人力资源部通常负责制订员工健康体检管理办法，安排年度体检计划，审核体检人员名单，并组织安排各单位人员的体检。
在一些企业中，人力资源部还负责与医院对接，确定体检时间、流程及相关事项，并接收和分发体检报告。
办公室
办公室可能负责确认体检人数和安排具体的体检医院、时间等事宜。
医务室或医院
有些企业可能有自己专门的医务室或医院，负责具体的体检工作，但通常会在人力资源部的协调下进行。
生产安全部与工会
生产安全部负责特种作业人员和接触有毒有害作业人员的体检审核、组织与管理。
工会则负责劳模及女工体检的审核、组织与管理。
财务部
财务部负责相关费用的列支。
行政部
在一些企业中，如果设有行政部门，该部门可能负责人员的任用监督及身体健康状况的重视，从而负责体检的组织。
综上所述，员工体检的管理部门主要是人力资源部，但在一些情况下，办公室、医务室或医院、生产安全部、工会、财务部和行政部也可能参与体检的管理与组织工作。具体负责部门可能因企业规模、结构和制度而异。建议企业明确相关部门的职责，确保体检工作顺利进行。