马桶之所以设计为两层盖子，主要是出于以下功能和考虑：
掩盖气味和防止异味外流
最上面的一个大盖子主要用于掩盖气味，防止异味扩散到外部环境中。同时，它也能防止物品掉入马桶内，保持卫生。
提供舒适的坐姿
最里面的坐垫设计用于坐着方便，符合人体工程学，使坐姿更加舒适。坐垫通常设计为圆滑，不仅卫生，还能提供防滑功能，确保使用时的安全性。
卫生和美观
两层盖子的设计不仅实用，还具有一定的美观性。最上面的盖子可以防止马桶内部结构直接暴露，使整体外观更加整洁。
适应不同使用需求
有些设计考虑到了男性和女性不同的使用习惯。例如，男性小便时可能会将最上面的盖子掀起，而女性使用时则保持盖子放下，以保持卫生。
多功能性
两层盖子还可以根据需要进行组合使用。例如，冬天可以在坐垫上套上马桶套，增加保暖性；同时，盖子也可以防止冲水时污水溅出，保持使用环境的清洁。
综上所述，马桶的两层盖子设计是为了在保持卫生、提供舒适坐姿的同时，兼顾美观和实用性，满足不同用户的需求。