1189年(时南宋淳熙16年)，孛儿只斤•铁木真被推举为蒙古乞颜部可汗。在统一蒙古高原后，1206年 (南宋开禧2年) 7月13日建立“大蒙古国”(蒙古文国号Yeke Mongghol Ulus “也客•蒙古•兀鲁思”，俗称的“蒙古帝国”) 。蒙古贵族、诸王和群臣在斡难河源召开“忽里勒台”（库里台，蒙古语“大聚会”之意）大会推举铁木真为蒙古族的最高首领即大汗，尊称为“成吉思汗”，是大蒙古国第1代可汗。从1206年至1635年5月(时明崇祯8年即后金皇太极的天聪9年)最后一位大汗林丹之长子额尔克洪果尔(额哲)携传国大印投靠后金(满清)而灭国止的429年间，共有40人即大汗位。其中成吉思汗黄金家族39位，卫拉特蒙古部(西蒙古)首领1位(注：黄金家族的历代蒙古帝王深得蒙古族人民群众的尊重，非黄金家族的不得称大汗。)。其中元朝之前的“大蒙古国”4位大汗，还有成吉思汗嫡幼子拖雷等3人临时执政(监国) ，史称 “前四汗时期”，其政治中心在蒙古本土，此间4位大汗相继统一大蒙古高原，灭金、西夏、西辽、大理国，收西藏，和3次蒙古西征，远及中西欧边境、西亚，相继设立钦察汗国、察合台汗国、窝阔台汗国、伊尔汗国，南宋也灭亡在即；元朝时期(公元1271年-1368年)，始于世祖忽必烈(1271年12月18日，忽必烈将国号由“大蒙古国”改为“大元”，蒙古文为“Dai Ön Yeke Mongghol Ulus”即大元大蒙古国或大元的大蒙古国，作为汉文的国号“大蒙古国”被废弃)，终于元惠宗即元顺帝的1368年闰7月27日，共11位皇帝(也是大元大蒙古国的大汗)；北元时期，始于元惠宗顺帝的1368年7月(顺帝北逃蒙古本土，仍称“大元”史称北元)，终于元益宗脱古思帖木儿的1388年10月，此年，与忽必烈争夺汗位的阿里不哥的后代孛儿只斤•也速迭儿缢杀元益宗自称蒙古大汗。也有说北元止于1402年月鲁帖木儿(明朝称之为鬼力赤）政权建立时，废弃大元大蒙古国只称大蒙古国，或更晚直至1635年5月。因为鬼力赤之后仍有许多大汗发国书仍用蒙古文 “Dai Ön Yeke Mongghol Ulus”即“大元大蒙古国”国号，很多可汗的敕书仍自称“大元蒙古可汗”直到末任的额哲汗，部分的学者和蒙古人民认为“北元”并没有就此结束，著名的达延汗实际就是大元汗，直到1635年5月末代大汗额哲汗与母亲苏泰太后献传国玉玺投降归顺后金，从此清朝皇帝兼任蒙古大汗，大元大蒙古国才正式宣告灭亡。在这里按照内蒙古人民出版社《元朝之后的蒙古汗国》观点也是蒙古人民的共识，将元惠宗北逃蒙古本土到1635年5月统一称为北元，整个北元包括元顺帝共26位皇帝(也是大汗)。40位可汗（皇帝）名字前面为庙号(其中太祖铁木真到宪宗蒙哥4人均是世祖忽必烈建立“大元”后追封，还追封了临时执政即监国4年的其父拖雷为睿宗)，后面的为汗号，从明朝认定的北元朝之后的“大蒙古国”19位大汗无庙号而直接开列名字。
如果按部分史学家所说第18位大汗孛儿只斤•也速迭儿和第19位大汗孛儿只斤•恩克是同一个人，且末代大汗是孛儿只斤•林丹巴图尔，则整个大蒙古国(大元大蒙古国)共有38位大汗，这也是最流行的一种说法。当然，也有不少人认为“正儿八经”由“库里勒台”选出来并当了4年大汗的阿里不哥，虽然被抢位的哥哥忽必烈打败，不能“成王败寇”，他才是大蒙古国的第5位大汗，元朝建立之前的“大蒙古国“大汗不是4位而是有5位，大汗总人数应该有41位（或39位）。
(一)“大蒙古国”即史称 “前四汗时期” (国都是 曲雕阿兰即大斡耳朵，后 哈拉和林)：
1、太祖孛儿只斤•铁木真，成吉思汗，1206年-1227年在位。成吉思汗对于草原自古以来的贵族民主传统很坚持，在自己设置的《大札撒》中明确规定了“库里勒台”（大议会）选汗之制：“如果任何人由于骄傲，自行其事，想要当皇帝，而不经过诸王的推选，他就要被处死，决不宽恕。”并规定前代可汗对于后继者只有推荐权，而无决定权。他统一了蒙古高原，灭西夏、西辽，率领第1次蒙古西征。分封4个弟弟于帝国的东部，在蒙元时期成为“内四藩国”，史称“东道诸王”。分封长、次、三子在第1次蒙古西征收获的新领地即后来的钦察、察合台、窝阔台汗国，即“西道诸王”，指定三子继位，幼子拖雷守灶，分到了蒙古军队的96%和绝大部分财富。
2、太宗孛儿只斤•窝阔台，木亦坚汗，太祖第3子，1229-1241年在位。1227年8月25日成吉思汗病逝后，虽然窝阔台被指定为继承人但仍需 “库里台大会”的承认才算合法，由于各种原因，忽里勒台在成吉思汗去世两年后才正式召开，此间，成吉思汗嫡幼子拖雷 “监国”。两年后，库里台大会召开，有人主张“幼子守灶”立幼子拖雷，反对成吉思汗的遗命。大会争议40多天，还是术赤系、察合台全力支持窝阔台。即位时，全体宗王被要求根据成吉思汗遗言而立下“只要是从窝阔台合罕子孙中出来的，哪怕是一块臭肉，我们仍要接受他为汗”的誓言。在位时灭金，派大哥术赤次子拔都领军率成吉思汗4个嫡子兵团参加的第2次蒙古西征，即史称的“长子西征”，远及中西欧边境，扩大了钦察汗国的大片国土。
3、定宗孛儿只斤•贵由，库裕克汗，太宗长子，1246-1248年3月在位。窝阔台指定自己孙子失烈门(即三子阔出的长子)继位，可是诸王特别是皇后不同意而积极策划立贵由为汗，期间成吉思汗的幼弟帖木格(斡赤斤)听说窝阔台因为酗酒而死，对部众们说 “窝阔台身为成吉思汗的儿子，居然得到这样的下场，就是因为违背了成吉思汗亲自制定禁酒的扎撒”，后听说汗位空虚，认为自己地广兵强，又有“幼子守灶”的蒙古传统也参加争位，最后在1246年8月26日举行“库里台大会”大会上窝阔台长子贵由胜出而登基。期间由太宗皇后乃马真“监国”。
4、宪宗孛儿只斤•蒙哥，蒙哥汗(以名字为汗号)，睿宗拖雷嫡长子， 1251-1259年8月11日在位。贵由死后，皇后海迷失效仿太宗皇后乃马真“监国”，她想立窝阔台之孙失烈门为汗，理由是窝阔台当初曾有遗诏想立失烈门。拖雷之妻唆鲁禾帖尼很有才干也很有人缘，在与成吉思汗长子术赤的次子拔都(继承术赤统率钦察汗国)联手后，1251年6月，忽里勒台大会在拔都领地召开，蒙哥被选为大汗，夺得汗位，汗统由窝阔台系转为“幼子守灶”的拖雷系。蒙哥即位违背了成吉思汗的遗言和窝阔台即位时全体宗王的誓言，也拉开了黄金家族内部分裂和大蒙古国的分裂序幕。在位时灭大理国，收西藏和灭南宋在即，派三弟旭烈兀领军的第3次蒙古西征，远及西亚，为设立“伊尔汗国”奠定了基础。
(二)元朝即“大元”(蒙古文“Dai Ön Yeke Mongγol Ulus”即“大元大蒙古国”) 时期：
5、世祖孛儿只斤•忽必烈，薛禅汗，拖雷嫡次子，1260-1294年在位。1259年8月11日，蒙哥攻打南宋四川重庆合川的钓鱼城时，被炮石击伤而死。坐镇首都哈拉和林监国的幼弟阿里不哥(拖雷的嫡幼子)主持大哥葬礼并着手准备库里台大会选举新大汗。谁料也正在攻打南宋的忽必烈得知消息后在赶回哈拉和林的途中，于1260年5月5日在精兵拥立下在开平(即后来上都，今内蒙古正兰旗上都镇)抢先自立为大汗，随即阿里不哥在哈拉和林的库里台大会上，除拖雷嫡三子旭烈兀的伊尔汗国之外，得到了术赤系的钦察汗国、察合台系的察合台汗国、窝阔台系的窝阔台汗国和所有王公贵族的支持，被选为新大汗，阿里不哥与忽必烈为争位爆发激烈的4年内战，1264年战败的阿里不哥向忽必烈投降。忽必烈虽然胜出，但是其他黄金家族首领和蒙古宗王始终不认可他(忽必烈得位不正，远不如弟弟阿里不哥的大汗之位光明正大!许多史学家认为1260-1264年在位的阿里不哥才是大蒙古国的第5代大汗)，被迫将首都由哈勒和林迁至大都，默许钦察汗国、察合台汗国、窝阔台汗国三大汗国独立，并册封其弟旭烈兀为“伊尔汗国”的伊尔汗，1271年12月18日，忽必烈将国号由“大蒙古国”改为“大元”，“大蒙古国”由此分裂为元朝(大元大蒙古国、大元汗国)和四大汗国。1279年3月灭南宋，元朝领土包括成吉思汗时期的蒙古本土和广义上的中原、西藏。1304年，随着对忽必烈抢夺汗位最大的反对者，窝阔台家族的海都(1268年窝阔台汗国的海都，联合钦察汗国与察哈台汗国反忽必烈，意图夺回大汗之位，大蒙古帝国陷入内乱，史称“海都之乱”)的去世，钦察汗国、察合台汗国、窝阔台汗国、伊儿汗国四位大汗共同约和，向元朝表示臣服，此时元朝皇帝是忽必烈的孙子铁穆耳，正式成为了“众汗之汗”。广义上的蒙古帝国包括了分裂后的元朝和四大汗国(即“外四藩国”)，大元大蒙古国成了名义的共主，但无半点权力。
6、成宗孛儿只斤•铁穆耳，完者笃汗(乌力吉图汗，完泽笃汗)，世祖皇太子真金(追封裕宗)的第三子，1294-1307年在位。
7、武宗孛儿只斤•海山，忽鲁格汗(曲律汗)，裕宗次子答啦麻八剌(追封顺宗)的次子，1307-1311年在位。1307年正月初八无子嗣的成宗去世，因未指定继承人。由摄政皇后卜鲁罕召集宗亲大臣举行忽里台大会，另选新君。卜鲁罕和左丞相阿忽台准备拥立成宗的堂弟安西王阿难答，但忽必烈原有“皇位只传太子真金子孙”的遗言，于是出现了真金长子甘麻剌的儿子也孙铁木耳，真金次子答啦麻八剌在怀州的儿子爱育黎拔力八达、坐镇漠北的儿子海山相争，兄弟相争的局面再次出现，结果海山胜出。
8、仁宗孛儿只斤•爱育黎拔力八达，普颜笃汗(宝颜图汗)，顺宗的第三子、武宗弟，1311-1320年在位。武宗海山临终前按照“兄弟相传，叔侄相传”的约定，将皇位传给了仁宗，结果仁宗不讲信用，将皇位没有传给侄子而是给了自己的次子硕德八剌。
9、英宗孛儿只斤•硕德八剌，格坚汗(格根汗)，仁宗次子，1320-1323年在位。1323年八月初五晚推行新政的英宗从上都南返大都途中的南坡店被蒙古守旧派铁失等刺杀，史称“南坡之变”。
10、孛儿只斤•也孙铁木耳(也孙铁木儿)，没有汗号和庙号(用年号史称泰定帝)，裕宗长子甘麻剌(追封显宗) 的次子，1323-1328在位。在与海山兄弟相争皇位失败的也孙铁木耳，预先得知“南坡之变”消息并立即向英宗报信却迟了一步，但仍被“南坡之变”的主谋主凶拥立为继承人，背上“弑君”嫌疑。
11、孛儿只斤•阿速吉八，剌察八黑汗，无庙号(用年号史称天顺帝) ，泰定帝长子， 1328年9月~10月在位。有“谋逆篡位”之嫌而即位的泰定帝1328年农历7月病死于上都后，成吉思汗的子孙再次出现堂兄弟、亲兄弟相争大位的两场大戏。在大都的海山的老臣于农历9月13日抢先拥立武宗海山的次子图帖睦尔为大汗，改元天历，在上都的大臣则随后立泰定帝长子9岁的阿速吉八即位，著名的“两都之争”“两都之战”爆发，结果武宗海山的儿子胜出， 阿速吉八失踪(有学者认为是被杀而隐瞒)，以至天顺帝没给父亲上庙号，之后的文宗认为他们父子靠弑君篡位的，也没他们父子上庙号。
12、文宗孛儿只斤•图帖睦尔，扎牙笃汗(札牙笃汗)，武宗次子，1328年9月-1329年1月，1329年8月-1332年11月在位。 泰定帝病死上都时，被大都的大臣抢在天顺帝即位之前拥立为帝，“两都之争”中打败天顺帝后又让位给坐镇漠北故都的大哥和世剌，8 个月后又毒死大哥而复位，临死前为了洗刷毒死哥哥的罪行遗诏由大哥明宗的儿子继位。
13、明宗孛儿只斤•和世剌(忽思勒)，呼图克图汗(护都笃汗、护图格图汗)，武宗长子， 1329年1月-1329年8月6日在位8 个月。“两都之战”后在漠北的和世剌接受弟弟的让位并在哈拉和林即位，8 个月后在回大都的途中与迎接的弟弟见面当晚被弟弟下毒致死，史称“天历之变”。
14、宁宗孛儿只斤•懿麟质班(额仁臣巴垃)，超克图汗(宜林奇葆汗，忽都笃汗)，明宗次子，1332 年10月4日~ 11月26日在位53天。年仅7岁病死。由于权臣的阻挠，半年后其兄在文宗皇后的支持下继位。
15、惠宗孛儿只斤•妥欢帖睦尔，乌哈哈图汗(乌哈葛图汗) ，明宗长子，1333年6月8日-1368年在位。1343年，下令由右丞相脱脱主持修撰辽史、金史、宋史三史(唯独不修西夏史)，于1345年修成。1368年闰7月27日带宗室和廷臣撤出大都北逃蒙古本土上都，仍称“大元”，史称“北元”，他既是元朝的最后一帝也是北元的第一帝，明太祖朱元璋称其为元顺帝。1368年八月初二明军攻占大都。也有野史传闻，元顺帝是1276年出降忽必烈的南宋“孤儿寡母”宋恭宗之后，与祖母太皇太后谢氏和母亲全太后出降的5岁赵显被忽必烈封为“瀛国公”并妻以公主，成年后学佛讲经成为“木波大讲师”，游走西藏青海新疆和漠北，并与时为王妃却爱好佛法的元顺帝之母你情我愿而生下顺帝。
(三)“北元” (仍称“大元”，蒙古文仍是“Dai Ön Yeke Mongγol Ulus”即“大元大蒙古国”)时期：
15、惠宗孛儿只斤•妥欢帖睦尔，乌哈哈图汗(乌哈葛图汗) ，1368年7月-1370年5月在位。1368年闰7月27日带宗室和廷臣撤出大都北逃上都，仍称“大元”，史称“北元”。为了消灭北元势力，明太祖先后发动8次北伐，大幅削弱了北元(主要是成吉思汗的老地盘东蒙古)的力量，也形成了“大明•北元”时达248年的南北朝，北元末代大汗的子孙们见证了大明被大清的灭亡。
16、昭宗孛儿只斤•爱猷识理达腊，必力克图汗，惠宗长子，1370年5月-1378年11月在位，年号宣光。终生致力收复大都。汉文化功底颇为深厚，在随父北逃途中有一首《新月诗》 “昨夜严陵失钓钩，何人移上碧云头。虽然未得团圆相，也有清光遍九州。”
17、益宗孛儿只斤•脱古思帖木儿，乌萨哈尔汗（也译成兀思哈勒汗，乌萨哈勒汗），惠宗次子(也有说是昭宗的儿子)，1378年11月-1388年11月1日在位，年号天元。1380年 “大蒙古国”的老国都哈拉和林也被明大将沐英的第5次北伐攻破焚毁。1388年3月，明大将蓝玉率师的第6次北伐，双方在捕鱼儿海爆发战争，北元军队大败，脱古思帖木儿率领10余人逃走(次子地保奴被明朝俘虏并流放到琉球)。农历十月，脱古思帖木儿与其长子天保奴被忽必烈之弟阿里不哥的后裔孛儿只斤•也速迭儿袭杀，夺取传国大汗玉玺。黄金家族丧失了在蒙古人中至高无上的地位，部分历史学家认为史称的“北元”到此结束。
18、恭宗孛儿只斤•也速迭儿，卓里克图汗(也译成酌力克图汗)，忽必烈的弟弟阿里不哥的后裔(与益宗同辈份)， 1358年生，1388年11月—1391年在位。元朝北撤蒙古本土后，在明朝的打击下，黄金家族原东蒙古(明朝称鞑靼，清朝称察哈尔部)势力凋零，各方势力争夺地盘和大汗汗廷的控制权，与元世祖忽必烈争夺大汗的阿里不哥后裔孛儿只斤•也速迭儿在未受到明朝打击的西蒙古(明朝称瓦剌，清朝称卫拉特部，因为是阿里不哥妻子的娘家，故其后裔投奔在此) 杰出领袖猛可帖木儿(明朝称之为瓦剌王)支持下偷袭俘获仓皇北逃的益宗，用弓弦将其缢杀，并被拥立为大汗，从此不再使用年号，汗廷设在卫拉特(属于西蒙古，即最早的“林中百姓”，因其斡亦剌首领娶了成吉思汗的女儿扯扯干公主便自称斡亦剌，明朝称瓦剌，清朝称卫拉特部)，这样西部蒙古与东部蒙古(又称“草原百姓”，明朝称为鞑靼，是以忽必烈系北元大汗直属部众以及东道诸王后裔部众为核心的蒙古人，居住在蒙古高原东部的鄂嫩河、克鲁伦河、贝加尔湖、呼伦贝尔一带)开始分裂，蒙古的政治中心转移到杭爱山以西的西蒙古。也速迭儿并非合法的北元皇帝，忽必烈系的统续至此终结，从这个角度说，北元至1388年已经亡国。
19、孛儿只斤•恩克(又译作昂克)，恩克汗(汗号失传，史称恩克汗)，也速迭儿的儿子，1375年生，1391－1394年在位。也速迭儿去世，其子继位。但来自瓦剌的权臣，尤其是太师乌格齐•哈什哈(对应明史所称的猛可帖木儿)，完全把他当傀儡。3年后，在内乱中被杀了。由于史料缺失，长期以来有大部分观点认为也速迭儿与恩克就是同一个人，此争议一直存在，以致后面的大汗排序号均减1，如22任为21任。
20、康宗孛儿只斤•买的里八剌 (也叫额勒伯克，名字的词义相同)，尼古埒苏克齐汗，元昭宗之子，1361年生，1394—1399年在位。恩克汗被杀后，瓦剌蒙古和东蒙古达成了妥协，将汗位再次还给了忽必烈系的后人(即明朝攻破大都俘俘虏后释放的买的里八剌)。更有人说他是益宗脱古思帖木儿的次子(不太可能，次子地保奴被明朝俘虏已流放到琉球)。即位不久额勒伯克在瓦剌部绰罗斯部领主浩海达裕怂恿下杀死了亲弟弟哈尔古楚克鸿合吉，夺取了已怀孕的弟媳(不久生下了哈尔古楚克鸿合吉的遗腹子阿寨台吉。)，在弟媳设计致使君臣2人反目、浩海达裕被杀后，额勒伯克为了弥补过失封浩海达裕之子绰罗斯•马哈木为丞相，并将女儿萨穆尔公主嫁给他，重用马哈木，这使得乌格齐•哈什哈强烈不满。于是在1399年起兵，击杀额勒伯克，他的小儿子本雅失里在战乱中逃到中亚帖木儿帝国避难，乌格齐•哈什哈将蒙古大汗的位置再次还给了阿里不哥的后裔坤帖木儿。
21、愍宗孛儿只斤•坤帖木儿(又译成琨特穆尔)，脱欢汗(有说汗号是掍特穆尔汗)，阿里不哥的后裔(世系不详)，1377年生，1400—1402年在位。由于史料缺失，也有人说是买的里八剌的长子。此时实权仍在乌格齐•哈什哈手里。部分史学家据明成祖朱棣所说“夫元运既讫，自顺帝之后，传爱猷识理达腊至坤帖木儿，凡六辈，相代瞬息之间，且未闻一人遂善终者”认为北元到此结束，共七代可汗。
22、孛儿只斤•月鲁帖木儿(又叫“布里牙特•乌格齐”，明朝称之为鬼力赤），兀雷帖木儿汗，窝阔台庶子合丹的后裔，1402—1408年在位。1402年乌格齐•哈什哈病逝，马哈木成为西蒙古的主角，同年坤帖木儿去世(也有说是马哈木所杀)，在汗庭的西蒙古马哈木等三巨头未形成共识的时刻，忠于元朝的惠宗、昭宗、益宗三朝重臣蛮子的族侄阿鲁台趁机拥立窝阔台庶子合丹的后裔为大汗(论及血缘已经不是很纯正的黄金家族成员)，并担任太师，汗庭东徙海剌儿河，此时东西蒙古两部公开分裂，开始了针对蒙古高原统治权的30年的争斗。有些学者把月鲁帖木儿与乌格齐•哈什哈混淆为同一人(即《明史》所称的猛可帖木儿），因此有他“是北元第1个非黄金家族的大汗”之说，并衍生出众多故事。同时从月鲁帖木儿即位后大汗的敕书开始弃用汉文而用蒙古文并引发一桩公案：惠宗北撤后，历任皇帝(可汗) 仍坚持“大元”国号，发敕书都自称“大元蒙古可汗”，蒙古文汉文对照无误，但月鲁帖木儿的敕书中国号写成了“Yeke Mongγol Ulus”即“大蒙古国”，“大元”不见了，因为没有汉文对照，故此明成祖朱棣喜不自胜地宣布蒙古人已自弃“大元”国号而称之为鞑靼，部分学者也据此认为1402年北元终结。
23、孛儿只斤•本雅失里(又叫额勒锥特穆尔)，完者图汗(完者帖木儿汗)，元昭宗之孙、买的里八剌的次子，1408—1410年在位。1408年，逃往中亚帖木儿帝国的孛儿只斤•本雅失里回到蒙古，太师阿鲁台阴谋杀死了月鲁帖木儿(即鬼力赤)，迎立来自忽必烈的嫡系子孙本雅失里为汗。此后君臣同心，1409年大败10万明军取得元昭宗岭北大捷后最大胜利，引起明永乐8年（1410年）明成祖朱棣50万大军的御驾亲征，阿鲁台与本雅失里分裂，本雅失里率部西走，本雅失里仅率7骑逃走投奔瓦剌即西蒙古的马哈木，被身为妹夫的马哈木所杀，收传国玉玺，并将他的人头送给朱棣，西蒙古的马哈木等三巨头向明朝称臣被分别封王。阿鲁台则率部东奔，最终在斡难河畔被明军消灭蒙古主力后，也向明朝称臣。
24、孛儿只斤•答里巴，德勒伯克汗，阿里不哥的后裔(世系不详)，1395年生，1411－1415年在位。马哈木杀死立本雅失里后，次年拥立答里巴为大汗，自任太师。马哈木对外称答里巴是本雅失里的弟弟，《蒙古源流》则记载，答里巴是本雅失里的儿子(不可能，刚杀其父而立其子)。此后，西蒙古(瓦剌)日渐强大，明成祖不愿看到瓦剌统一蒙古，为了保持东西蒙古势力均衡，1414年第2次率50万大军亲征漠北，大败马哈木、答里巴。
25、孛儿只斤•阿克萨合勒(阿岱台吉)，阿岱汗，成吉思汗的二弟哈撒儿的7世孙，1415—1426—1438年在位。投降明朝的阿鲁台，为了自身的合法性，又立阿克萨合勒(也有人说是成吉思汗幼弟斡赤斤的后裔或窝阔台后裔的月鲁帖木儿之子)为大汗(10年后，即在1426年西蒙古大汗额色库死后正式对外称大汗)，此时在蒙古历史上首次出现同时拥有两位大汗，答里巴史称西蒙古大汗，阿克萨合勒为东蒙古大汗。1415年，阿鲁台袭击刚被明军大败的西汗庭，东蒙古大胜，马哈木和答里巴被杀，马哈木之子脱欢被俘因为母亲是黄金家族的萨穆尔公主被放回。之后东蒙古渐渐做大，频繁骚扰大明，引来明成祖连续3次御驾亲征。
26、孛儿只斤•斡亦剌歹(又称额色库)，卫拉岱汗，阿里不哥的后裔(世系不详)，1415—1425年在位。马哈木败死脱欢被俘后，西蒙古的另外二巨头拥立阿里不哥后裔斡亦剌歹(也有说是布里牙特•乌格齐即鬼力赤之子，故有他是北元第2个非黄金家族的大汗之说)为蒙古大汗，1418年放回的绰罗斯•脱欢撑起了瓦剌大旗，兼并二巨头自任太师，一家独大，脱欢和斡亦剌歹联合明朝，打击东蒙古的阿鲁台，脱欢成为继猛可帖木儿之后“瓦剌王”，1425年脱欢杀死额色库(有说病死)，已做10年大汗的东蒙古大汗阿克萨合勒于1426年正式对外称大汗。
27、孛儿只斤•脱脱不花，岱总汗，买的里八剌的弟弟哈尔古楚克鸿合吉(哈尔古楚克都古楞特木尔鸿台吉)遗腹子阿寨台吉的长子，1422年生，1433—1451年在位。哈尔古楚克鸿合吉遗腹子阿寨台吉在姑妈萨穆尔公主保护下生存下来，后在明蒙边境游牧并生有3子：脱脱不花、阿噶多尔济(阿巴噶尔济，阿噶巴尔济济农)、满都鲁(满都古勒)。额色库死去9年后，西蒙古太师脱欢立脱脱不花为大汗，蒙古大草原又同时出现了两位大汗。在明成祖1422到1424年连续3次御驾亲征东蒙古的基础上，1434年，脱欢与脱脱不花攻打东蒙古，阿鲁台被击杀，部众溃散，1438年，俘虏并杀死东蒙古的大汗阿克萨合勒(有说他拒绝大明的招降，苦撑4年而败死于巴丹吉林沙漠中)，蒙古高原早已归附明朝的朵颜、泰宁、福余三卫(原成吉思汗季弟铁木哥斡赤斤后裔统治下的兀鲁思。大兴安岭以东，直到女真地区，北抵黑龙江流域，南临西拉木伦河的广大地域)和西北哈密、安定、阿端、曲先、罕东、沙洲和赤斤蒙古七卫重归一统于瓦剌人的手中，北元达到了巅峰时期，疆域西起中亚，东接朝鲜，北连西伯利亚南端，南临大明北疆，漠北东西万里，无敢与之抗者，瓦剌成为草原霸主。1439年，脱欢太师逝世，其子绰罗斯•也先继任，脱脱不花与也先各自统治其部众，分往蒙古高原东、西两处。1449年7月，也先率瓦剌大军攻打明朝，在土木堡与明英宗的20万大军交战，结果全歼明军，俘虏明英宗北归，史称土木堡之变（1年后遣返明英宗，表示愿结友好）。脱脱不花也同时率军时攻辽东，也是大获全胜，征服了黑龙江流域大片女真部落，并以大元皇帝的名誉遣使高丽，要高丽称臣纳贡。1451年冬，阴谋篡位的也先针对声望日升的脱脱不花，成功地拉拢了脱脱不花二弟阿噶多尔济(不听其子哈尔古楚克的苦劝)，内应外合打败脱脱不花，之后脱脱不花投奔肯特山兀良哈的岳父、皇后的父亲沙不丹，沙不丹因脱脱不花把妻休回娘家，早就怀恨在心，见他大势已去，于是将其杀死，为了不让女儿太伤心,他收养了脱脱不花的两个幼子脱古思蒙克、马儿古儿吉思。脱脱不花的异母幼弟满都鲁则逃奔成吉思汗三弟合赤温后裔济南王脱脱罕(也称瘸太子)。
28、孛儿只斤•阿噶多尔济，乌格克图汗，脱脱不花的二弟，1452—1453年在位。也先打败脱脱不花后，改立阿噶多尔济为新任大汗，次年春末将他杀死，其子哈尔古楚克(哈尔固楚克台吉)虽娶了也先的女儿齐齐格，也在出逃的途中被杀，有孕在身的齐齐格被其父也先带回，多次劝说女儿改嫁，身为黄金家族成员之妻齐齐格坚决不从，也先吩咐如果生下女孩便以公主之礼奉养，男孩就杀死。在也先的祖母萨穆尔公主(黄金家族的公主)的保护下，齐齐格生下遗腹子巴彦蒙克后，2人找来1个女婴瞒过也先的耳目，将巴彦蒙克送给极其忠心的正统派贵族汪古部阿罗出少师抚养(巴延孟克长大后，娶阿罗出的女儿锡吉尔为妻，1474年，生下著名的巴图蒙克即达延汗)。阿噶多尔济贪图汗位，不听其子的劝告而出卖兄长，却最终丢掉了脑袋，被时人耻笑为“额勒济根”（驴子）。
29、绰罗斯•也先（清朝时译作：布里牙特•额森），天圣汗，自称大元天圣可汗， 1407年生，1453—1454年在位。1453年春，久有篡位之心的太师也先杀死傀儡的阿噶多尔济，杀尽蒙古大草原上的黄金家族宗室，上位称汗，建年号天元（1453年-1457年），自称大元天圣可汗，成为大蒙古国历史上唯一的非黄金家族的可汗(也有说是第3位)。此时的大蒙古国(北元)达到了巅峰，也是蒙古历史上继成吉思汗、忽必烈之后几个最著名的可汗之一，当时明朝明代宗不承认他是“大元可汗”而称“瓦刺可汗”和瓦剌帝国。1454年也先为实现其“大元一统天下”派出其子新任太师的阿失帖木儿(斡失帖木儿)率精锐7万大军向西方进攻(原窝阔台汗国、察合台汗国的领地)，效仿成吉思汗一样开疆拓土，一面准备亲率大军进攻明朝，此时谋想过太师职位被拒同时两子被杀的知院阿剌趁机（也先汗庭空虚）率军3万击杀也先，传国玉玺被夺，瓦剌（西蒙古即卫拉特）自此分裂、衰落，逐渐退出了统治蒙古的历史舞台。
30、孛儿只斤•马可古儿吉思(玛哈古尔赫思)，乌珂克图汗，脱脱不花幼子(1448年生)，1454—1465年在位，明朝称之为“小王子”。也先被杀后，西蒙古各部自此分裂，原本拜服也先的东蒙古正统派各部空前团结，成吉思汗异母弟弟别勒古台后裔广宁王毛里孩、二弟合撒儿后裔科尔沁部的齐王勃鲁乃，哈剌嗔首领孛来、永邵部的癿加思兰、知院阿哈剌忽、平章昂克、少师阿罗出等人拥立脱脱不花幼子马儿古儿吉思为汗，毛里孩与孛来同为太师，向明朝派遣使节宣布新汗继位，黄金家族再次得到了命运的垂青，同时迅速以“臣弑君”为名起兵攻打阿剌，此时的卫拉特各部早已各奔前程，阿剌知院除了本部人马没有任何外援，众寡悬殊之下，兵败身亡。马儿古儿吉思继位后，毛里孩与孛来为争夺把持朝政的权利明争暗斗，孛来逐渐占据了上风。1463年也先之子阿失帖木儿率精兵从中亚返回蒙古，卫拉特各部又团结在他的旗下，东蒙古正统遭到打击，失去漠北而纷纷迁入漠南，短短6年恢复了除漠南之外的也先时代疆土。1465年，孛来为夺回漠北率军攻打阿失帖木儿结果大败，毛里孩趁机袭击孛来，结果在孛来军中的马儿古儿吉思与孛来一起被杀。
31、孛儿只斤•脱古思蒙克（脱古思猛可），脱脱不花的长子(1437年生)，摩伦汗，1465—1466年在位。马儿古儿吉思被杀后，太师毛里孩与少师阿罗出等人拥立脱脱不花的长子脱古思蒙克继位，但和谐的君臣关系经不住小人挑拔，很快就被毛里孩杀死。科尔沁部齐王勃鲁乃、少师阿罗出以为脱古思蒙克报仇为名攻打毛里孩，4年后1469年，击杀了毛里孩的兄弟、儿子等7人，只身逃出的毛里孩最终被活活困死在洪灰、扎巴干山区（今蒙古国境内）。此后，从1466年至1475年，蒙古大汗之位直接空置了10年，这是自铁木真一统蒙古诸部以来从未出现过的局面。虽然西蒙古的阿失帖木儿独领风骚，但也无力消灭东蒙古，双方混乱中对峙。
32、孛儿只斤•满都鲁(满都古勒)，乌格克图汗，脱脱不花的异母幼弟，1426年生，1475—1479年在位。在东西蒙古双方混乱对峙的10年中，除了西蒙古的阿失帖木儿外(1477年去逝)，脱脱不花的异母幼弟满都鲁、脱脱不花二弟阿噶多尔济之子哈尔古楚克的遗腹子巴彦蒙克，和永邵部的癿加思兰成为东蒙古的最有实力的首领。 1475年癿加思兰和齐王勃鲁乃、少师阿罗出等贵族与满都鲁、巴彦蒙克举行会盟，推举满都鲁为大汗，1475年，48岁的满都鲁即汗位于哈撒阑台山坡，巴彦蒙克为济农（副汗），癿加思兰为太师，汗庭势力迅速壮大。但癿加思兰也私欲膨胀相继吞并阿罗出等其它贵族的地盘并计划拥立毛里孩之子斡亦来，1479年在癿加思兰的弟弟亦思马因的配合下，满都鲁剿灭了癿加思兰。但接任太师的亦思马因却看中了巴彦蒙克的妻子，两边挑拔，满都鲁打败巴彦蒙克(逃亡路上被杀)，吞并其鄂尔多斯部众，亦思马因也以此为名发兵，霸占巴彦蒙克妻子。当年底满都鲁病故，他的遗孀满都海(与满都古勒育有2女，长女博罗克沁公主嫁癿加思兰，次女伊克锡公主嫁满官嗔部的火筛。满都海自小武艺高强，政治军事才能出众。当时蒙古本部共6万户，大汗已直辖2万户)继承了大汗直属部众。
33、烈祖孛儿只斤•巴图孟克(巴图蒙克)，达延汗(实为“大元大可汗”的异译)，成吉思汗的15世孙、元顺帝妥欢帖睦尔的8世孙(成吉思汗铁木真→托雷→忽必烈→真金→答剌麻八剌→海山→图帖睦尔→妥欢帖睦尔→爱猷识理达腊→哈尔古楚克鸿合吉→阿寨台吉→阿噶多尔济→哈尔固楚克→巴彦蒙克→巴图蒙克)，巴彦蒙克之子，绰罗斯•也先的外曾孙，1474年生，1480—1517年在位。满都鲁死后，他的遗孀33岁的满都海 (1448年生，成吉思汗黄金家族世代姻亲的汪古部人)掌握了北元政权。根据蒙古习俗，作为已故大汗的遗孀，她选择了谁当丈夫，谁就能成为下任蒙古大汗。为保住黄金家族世传和蒙古草原的稳定，她发誓，非黄金家族嫡系后裔不嫁。但草原到哪来去找，这时唐古拉特部的小贵族哈达克将7岁的巴图孟克送到汗庭。原来巴彦蒙克遇害、妻子被霸占后，其独生子巴图孟克却无人抚养还差点病死，被好心的哈达克接走治病抚养，原本人丁兴旺的忽必烈一脉只剰下这根独苗。33岁的满都海毅然下嫁7岁的曾侄孙巴图孟克，将其扶持为新任蒙古大汗(明朝因其年龄小也称之为小王子)，下嫁时当众向天后(成吉思汗正妻孛儿帖的灵位)起誓说“相信我真诚地守护您的后裔巴图蒙克，做他的贤妻，那么请保佑我，在内襟中赐给我七个男孩，在外襟中赐给我一个女孩。如蒙您慷慨赐予，就起名叫七个博罗特(钢铁之意)，愿他们坚如钢铁，将您的香火延续”。估计成吉思汗做梦都不会想到，自己的后裔，居然需要靠一个女人撑起整片天。蒙古族传说满都海就是成吉思汗转世来拯救黄金家族和大蒙古国。从此，满都海身兼母亲、妻子、辅臣三项重任，悉心抚养年幼的巴图孟克，成为蒙古历史上著名的巾帼英雄，被全蒙古贵族授予“彻辰”(至高无上的意思)的称号，蒙古人民心中仅次于成吉思汗的“蒙古中兴之母”，为东西蒙古的统一做出了巨大贡献，在内蒙古首府呼和浩特市就有一座纪念她的满都海公园，里面矗立着她的雕像。结婚后，巴图孟克即位，满都海开始了统一蒙古各部的伟业，她携年幼的达延汗率兵出征瓦剌(西蒙古卫拉特)，为了保护年幼的巴图孟克、防暗算，满都海就把他带在身边不离，装在箭囊里背在身后，战斗中亲自挥刀上阵，冲杀中头盔都被砍掉，在今蒙古国特斯河、博尔河一带取得了决定性胜利，大败卫拉特人，将其赶到杭爱山以西，收复了故都哈拉和林，规定卫拉特部首领的住帐只能称宅，而不得称殿，其冠缨不得过四指，同时，让达延汗迎娶阿剌知院的孙女为侧妃，以联姻的方式安抚卫拉特。1483年，满都海率军进攻害死达延汗生父的亦思马因太师，几乎横扫了东起辽东地区，西至哈密北山的蒙古草原，亦思马因兵败如山倒，仓惶西逃，满都海也在一次领兵拒敌时，因为怀孕身体沉重，从马上掉下，险些成为俘虏。1486年，又派托郭齐少师率军彻底击溃了亦思马因残部，亦思马因被托郭齐少师亲手射死，夺回了达延汗的生母。消灭亦思马因之后，那时的蒙古左翼(蒙古本部)已经牢牢掌握在达延汗之手，而右翼(西蒙古诸部)也已经臣服，大蒙古草原基本统一在满都海和达延汗的统治下。之后，满都海彻底改革官制，废除了元朝遗留下来的太师、太尉、太傅、太保、少师、平章、知院等官职，代替以成吉思汗时代的济农、诺颜，左右北元近两百年的“太师”终于成为了历史陈迹，1489年16岁的达延汗开始亲政后，满都海从台前退居幕后，她如母亲一般养育教导了达延汗；作为妻子，为达延汗养育了7儿1女(其中3对双胞胎7个儿子都叫博罗特)，虽然当时7岁的达延汗也曾经起誓，除了满都海外，永远不会再娶哈屯，等到他30岁的时候，满都海为了延续黄金家族，亲自帮他打破了这个誓言，为他选了两个侧室，也就是所谓的哈屯，她在全蒙古寻找容貌比自己好，年龄在15到20岁的女子，最终选定了两名女子当达延汗的小哈屯，各给达延汗生下了两个儿子；而作为摄政辅臣，又在达延汗亲政前帮他扫清了身边所有的障碍。作为一个女人，她的作为几近完美。达延汗亲政后，开启了征战天下的历程，先后征服了鄂尔多斯部、土默特部、永谢布部、蒙郭勒津部、喀尔喀部、兀良哈部、科尔沁部等， 到1510年，彻底完成了蒙古的统一，成为继成吉思汗之后第2个统一全蒙古的人，史称“达延汗中兴”，后来蒙古人民还给他上了烈祖的庙号。不久达延汗实行分封制，除西蒙古卫拉特(后分为准噶尔部、和硕特部、杜尔伯特部、土尔扈特部)、西北蒙古七卫和蒙古东道诸王(东蒙古科尔沁部等)、朵颜三卫外，将蒙古草原各领地合并分为6个万户(下分若干个鄂托克即千户)，6个万户又分左右翼，按坐北朝南的朝向，左翼3万户在东部(察哈尔部，兀良哈部，喀尔喀部)，右翼3万户在西部(土默特部，喀喇沁部，鄂尔多斯部)，左翼地位高于右翼，汗庭设在故都哈拉和林，其中左翼喀尔喀部的7个鄂托克(第9子封地)又称外喀尔喀部(就是日后的外蒙古，也称为喀尔喀蒙古，漠北蒙古并演变成札萨克图汗部、土谢图汗部、车臣汗部)，其他5个鄂托克(第5子)称内喀尔喀部(后成为内蒙古一部分)。除兀良哈万户外，达延汗将其它5个万户分给儿子们统治，达延汗的嫡长子一脉，直辖左翼的察哈尔万户，但这也导致了黄金家族另一次分裂，因为他的继任者，只不过是察哈尔万户长，并无绝对实力让另外5个万户长臣服，更无力使西蒙古和蒙古东道诸部臣服。达延汗死后的继任者，逐渐又变成了大蒙古草原名义上的共主。
34、孛儿只斤•巴尔斯博罗特，赛因阿拉克汗，达延汗的第3子，1517—1519年在位。达延汗因长子图鲁博罗特早逝早指定长孙博迪为继承人。达延汗病死后，掌管右翼3万户的济农（副汗）巴尔斯博罗特以博迪年幼为由，自称大汗，这自然引来达延汗其他儿子的不服。3年后在达延汗的第4子阿尔苏博罗特的支持下，博迪即位。同年，巴尔斯博罗特不久去逝(长子继承济农，次子阿拉坦等也各有封地)。此后，蒙古汗位一直稳固地在达延汗的长支后裔察哈尔部传承。
35、孛儿只斤•博迪，阿剌克汗，达延汗长子图鲁博罗特之长子，1519—1547年在位。1520年博迪放弃哈拉和林，迁都于鄂尔多斯，从此察哈尔部成为汗廷所在地。1521年博迪攻打明朝之时，唯一不是达延汗之子掌管的左翼兀良哈万户造反而攻打喀尔喀万户，在众叔叔和堂兄弟的合力下于1538年杀灭了兀良哈万户所有大小贵族并折分兀良哈土地给众堂兄弟，所有属民分开并入其它5万户，从此整个漠南、漠北蒙古都置于达延汗子孙的管辖之下。此后博迪分封了十几个堂兄弟的小可汗称号，也导致了汗廷权力削弱及各自为政，蒙古再次趋于分裂。其中1542年，被封为索多汗的阿拉坦(巴尔斯博罗特次子俺答)成为蒙古右翼土默特的首领，领导右翼三万户，与博迪分庭抗礼，他就是蒙古历史上大名鼎鼎的俺答汗。1571年(隆庆5年)，俺答汗与大明达成了封贡与互市的协议即明蒙“隆庆和议”，明穆宗册封其为顺义王，史称俺答封贡，由此，明蒙之间结束了长达200多年的战事，双方再无大的冲突，开始了70多年的和平，影响更加深远、持久的人口大迁徙“走西口”，也从此拉开了序幕(顺便说一句，走西口、闯关东、蹚古道、下南洋、赴金山，是中国近代五股大的移民浪潮。)。1572年俺答汗决定模仿失去的大都修建新的城市并于1575年完成，名为库库和屯，意为“青色的城”，明朝称为归化城，就是今天的呼和浩特。其王妃著名的三娘子(1550年-1613年，奇喇古特•钟金，卫拉特蒙古奇喇古特部落首领哲恒阿哈之女) ，力促俺答封贡，得到明朝敕封的忠顺夫人。1578年，被三世达赖赐予称号“阿力亚•达赖”(菩萨转世的圣母) 。1582年，俺答汗逝世后，三娘子按照蒙古旧俗，先后嫁给俺答汗长子黄台吉、黄台吉长子扯力克、扯力克长孙卜失兔，连嫁4任土默特部首领，掌握军政和兵权，受人畏服，稳定了漠南蒙古局势，尽力维持蒙汉和睦相处，经常亲自前往明朝边关军营中走动，与边关将领的关系极其融冶，与王昭君、满都海齐名，是深受蒙汉人民尊敬和爱戴的三位伟大女性之一，为蒙汉两族的民族团结和内蒙古地区经济文化的发展作出了巨大贡献 。1613年三娘子去世，葬于美岱召内，明朝赐祭七坛，以彰其“不贰”之功。
36、孛儿只斤•达赉逊，库登汗(库腾汗)，博迪长子，1547—1557年在位。达赉逊在位期间，其直属的察哈尔一部南越大兴安岭，来到西拉木伦河流域游牧，并因俺答汗的威胁而东迁汗庭于辽东，在辽东地区与明朝形成对峙，明朝大将李成梁因之长期驻守辽东。双方的相互厮杀，这就为后来女真人爱新觉罗•努尔哈赤崛起提供了历史机遇。
37、孛儿只斤•图门，札萨克图汗，达赉逊的长子，1557—1592年在位。图门在位期间，多次率领东蒙古左翼和嫩科尔沁等部威胁明朝，明朝称其为“土蛮”。不过此时的汗庭威信大幅下降，几乎与其它万户之长处于平等的位置。
38、孛儿只斤•布延，彻辰汗，图门的长子，1592—1604年在位。此时堂堂的蒙古大汗所能控制的只有自己的察哈尔万户，可怜的布延只能将元朝的传国玉玺四处昭示，让大家承认自己是蒙古大汗的身份。
39、孛儿只斤•林丹巴图尔，呼图克图汗(虎墩兔汗，又称林丹汗，自称神中之神全智成吉思盛隆汗)，达延汗的7世孙(达延汗巴图蒙克→图鲁博罗特→博迪→达赉逊→图门→布延→莽古斯→林丹巴图尔)，布延的长子莽古斯的长子，1604—1634年在位。即位时的黄金家族江河日下，内部的大小汗林立，漠北的外喀尔喀不承认蒙古大汗为共主，漠西卫拉特仍然与之为敌，但随着林丹汗的强盛与努力，曾一度把漠南蒙古诸部(今内蒙古)置于统治之下，大有重整蒙古之势。1616年，努尔哈赤正式称汗，建立后金，形成了“大明•北元•后金”共28年(1644年明朝灭亡)的新三国演义。1619年，林丹汗下令兴建了都城察罕浩特（今内蒙古赤峰市阿鲁科尔沁旗境内）。1620年，蒙古与后金正式决裂，不久蒙古各部以成吉思汗二弟合撒儿后裔的科尔沁部为首明里暗里纷纷投靠后金。1626年，皇太极即位，后金加快了征服蒙古各部的步伐。1632年，皇太极率领大军越过大兴安岭征讨林丹汗，林丹汗从归化城驱人畜10万西渡黄河远遁青海。1634年夏秋之际林丹汗因天花死于青海大草滩，终年43岁。大蒙古国真是兴于“成吉思”亡于“成吉思”。
40、孛儿只斤•额尔克洪果尔(额哲)，察哈尔亲王(也称额哲汗)，林丹汗之子，1634—1635年4月在位。很多人认为林丹汗是蒙古帝国末代大汗，额哲虽然只是能管到察哈尔部的可汗但也是名义上蒙古帝国大汗。1635年5月，额哲汗与母亲苏泰太后献传国玉玺投降归顺后金，大蒙古国正式宣告灭亡，林丹汗8个大小老婆被皇太极及其兄弟瓜分立为大小福晋。1636年3月漠南蒙古各部大小领主齐聚后金国都盛京沈阳，承认皇太极也是蒙古大汗，从此清朝历代皇帝都有蒙古大汗的称号，以蒙古大汗的名义统领大蒙古。皇太极封额哲为察哈尔亲王，将次女固伦温庄长公主马喀塔嫁给了他。从成吉思汗起，传承了429年的黄金家族的蒙古帝国汗位至此断绝。40年后的清康熙14年，林丹汗的孙子察哈尔亲王布尔尼趁“三藩之乱”举兵反清，但蒙古各部无人响应，绝大多数蒙古人已认同大清就是满蒙共同的家园，以失败告终，林丹汗这一脉绝嗣。1691年，康熙帝时漠北蒙古（喀尔喀蒙古）也归顺清朝。1757年，乾隆彻底平定漠西蒙古的准噶尔部，至此，蒙古三部——漠南、漠北、漠西(今新疆、青海等地)全部统一于清朝。
清朝历代皇帝都有蒙古大汗的称号，皇太极为博格达彻辰汗、顺治帝为额耶尔札萨克汗、康熙帝为恩赫阿木古朗汗、雍正帝为纳伊拉尔图托布汗、乾隆帝为腾格里特古格奇汗、嘉庆帝为萨伊什雅尔图伊鲁格尔图汗、道光帝为托尔格勒特汗、咸丰帝为图格莫尔额尔伯特汗、同治帝为布伦札萨克汗、光绪帝为巴达古尔特托尔汗、逊帝溥仪为哈瓦图猷斯汗。
