变更索赔的流程通常包括以下几个步骤：
提出变更索赔要求
承包商根据合同条款或相关规定，认为有权获得竣工时间延长或附加款项时，应通知工程师，说明引起索赔的事件或情况。通知应尽快发出，并不迟于承包商开始注意到该事件或情况后的28天。
审核变更索赔要求
工程师在收到索赔通知后，应在合同约定的期限内审核请求，包括变更索赔请求是否符合合同约定及相关法律法规，请求的证据是否充分合法，以及是否存在不予变更索赔的情形。
处理和答复
工程师应根据审核结果，及时处理甲方的变更索赔请求。处理结果可能包括同意变更索赔并支付赔偿金额、部分同意变更索赔并支付部分赔偿金额、或不同意变更索赔并说明理由。处理结果应在合同约定的期限内以书面形式通知乙方。
协商解决
如果双方对变更索赔请求存在分歧，应通过友好协商解决。协商不成的，任何一方均有权向合同约定的仲裁机构申请仲裁或向人民法院提起诉讼。
执行变更索赔协议
一旦双方就变更索赔达成一致，应签订变更协议，并按照协议执行。协议应明确变更的内容、影响范围、成本预算和时间安排等。
支付赔偿金额
甲方应根据乙方提交的证据材料，按照实际发生的额外成本支出进行赔偿，并在确认乙方索赔成立后的一定工作日内支付赔偿金额。
保密和记录保持
在变更索赔过程中，涉及的技术秘密、项目信息等应予以严格保密。同时，承包商应保持相关的同期记录，以便在需要时提供证明。
建议：
承包商在提出变更索赔时，应确保通知及时、证据充分，并严格按照合同条款和法律法规进行操作。
工程师在审核变更索赔请求时，应公正、及时，确保处理结果符合合同约定和相关法律法规。
双方在协商过程中应保持诚信、公平，尽量通过友好方式解决分歧，以减少不必要的法律纠纷。