在公司清算过程中，员工的赔偿计算主要依据《中华人民共和国劳动合同法》第四十七条和第四十六条的规定。以下是具体的赔偿计算方式：
经济补偿金的计算
员工每工作满一年，支付一个月工资的经济补偿金。
工作六个月以上不满一年的，按一年计算。
工作不满六个月的，支付半个月工资的经济补偿金。
月工资的计算
月工资是指劳动者在劳动合同解除或者终止前十二个月的平均工资。
包括计时工资、计件工资、奖金、津贴和补贴等货币性收入，不包括非劳动报酬性的收入及劳动保护等方面的费用。
特殊情况下的经济补偿
劳动者月工资高于用人单位所在直辖市、设区的市级人民政府公布的本地区上年度职工月平均工资三倍的，向其支付经济补偿的标准按职工月平均工资三倍的数额支付，向其支付经济补偿的年限最高不超过十二年。
其他补偿
公司欠员工的工资、医疗、伤残补助、抚恤费用，以及应当划入职工个人账户的基本养老保险、基本医疗保险费用，以及法律、行政法规规定应当支付给职工的补偿金。
赔偿顺序
破产财产在优先清偿破产费用和共益债务后，依照下列顺序清偿：
破产人所欠职工的工资和医疗、伤残补助、抚恤费用，所欠的应当划入职工个人账户的基本养老保险、基本医疗保险费用，以及法律、行政法规规定应当支付给职工的补偿金。
破产人欠缴的除前项规定以外的社会保险费用和破产人所欠税款。
普通破产债权。
不足清偿的情况
破产财产不足以清偿同一顺序的清偿要求的，按照比例分配。
总结：
在公司清算过程中，员工的赔偿计算主要依据工作年限和月工资，特殊情况下的经济补偿以及破产财产的清偿顺序。确保按照相关法律规定和程序进行，以保障员工的合法权益。