单位扣押员工证件，如身份证、毕业证等，通常是出于以下目的：
1. 防止员工擅自离职，确保员工能长期为公司工作，减少因员工突然离开而带来的招聘和培训成本。
2. 作为一种管理手段，用以确保员工在离职时能按照合同规定进行交接。
然而，这种行为是违法的。根据《中华人民共和国劳动合同法》第九条的规定，用人单位在招用劳动者时，不得扣押劳动者的居民身份证和其他证件，也不得要求劳动者提供担保或以其他名义向劳动者收取财物。
如果遇到单位扣押证件的情况，您应该明确拒绝，并可以向劳动行政部门反映此问题。如果单位的行为构成非法扣押，劳动行政部门会责令其限期退还劳动者证件，并依法进行处罚。
请记住，保护自己的合法权益是非常重要的，遇到任何不合法的要求，都应该勇敢地站出来维护自己的权利