不让建鸭棚的原因主要有以下几点：
保护耕地资源
国家对耕地实行特殊保护，严格限制农用地转为建设用地，并控制建设用地总量。在承包合同上规定种植的土地上建设牛棚属于违法行为，因为想要进行养殖需要办理相应手续才能合法。基本农田内仅允许建设易于恢复、非设施农业的大棚，而不得建设温室或看护房。养殖鸭棚属于设施农业，因此不得在基本农田内建设。
遵守法律法规
根据《土地利用现状分类》（B21010-2007），设施农用地是指直接用于经营性养殖的畜禽舍、工厂化作物栽培或水产养殖的生产设施用地及其相应附属设施用地，农村宅基地以外的晾晒场等农业设施用地。设施农用地建设应尽量利用荒山荒坡、滩涂等未利用地和低效闲置的土地，不占或少占耕地，严禁占用基本农田。
《中华人民共和国土地管理法》第五十九条和第四十四条规定，建设占用土地，如涉及农用地转为建设用地的，应当办理农用地转用审批手续。若在建设用地上建鸭棚，需确保该用地已按法定程序转为建设用地，并符合当地的村庄和集镇规划。
防止环境污染
鸭子喜爱吃菜、吃嫩草、吃粮食，吃的多，窝得也多，容易污染环境。近年来，全国各地养殖业发展很快，加上一些养殖户环保意识淡薄，对环境水源造成严重污染，所以当地政府部门才会禁止一些养殖的，这就是政府部门规定的禁养区。
大棚养鸭，其主要原因棚内温度相差较大，鸭棚内过度潮湿，一些寄生虫和细菌繁殖过快，容易让鸭子发生感染，所以很多政府部门都不提倡大棚养殖鸭子。
法律处罚
根据《中华人民共和国刑法》第342条，违反土地管理法规，非法占用耕地、林地等农用地，改变被占用土地用途，数量较大，造成耕地、林地等农用地大量毁坏的，处五年以下有期徒刑或者拘役，并处或者单处罚金。
综上所述，不让建鸭棚主要是为了保护耕地资源、遵守法律法规、防止环境污染，并避免可能的法律处罚。建议在进行养殖活动时，应选择合法合规的场地，并严格按照相关法律法规进行申请和审批。