农业公司在运营过程中可以享受以下税收优惠政策：
增值税及其附加
农业生产者销售的自产农产品免征增值税。
从事农业机耕、排灌、病虫害防治、植保、农牧保险以及相关技术培训业务，家禽、牲畜、水生动物的配种和疾病防治工作所取得的收入免征增值税。
对单位或个人将土地、水面等发包（出租）给其他单位或个人从事农业生产所收取的承包金（租金）；转让给农业生产者用于农业生产的人工用材林也免征增值税。
企业所得税
蔬菜、谷物、薯类、油料、豆类、棉花、麻类、糖料、水果、坚果的种植；农作物新品种的选育；中药材的种植；林木的培育和种植；牲畜、家禽的饲养；林产品的采集；灌溉、农产品初加工、兽医、农技推广、农机作业和维修等农、林、牧、渔服务业项目；远洋捕捞等项目所得免征企业所得税。
企业从事国家重点扶持的公共基础设施项目投资经营的所得，从事符合条件的环境保护、节能节水项目的所得，以及符合条件的技术转让所得，可以免征或减征企业所得税。
对于某些特定项目，如花卉、茶以及其他饮料作物和香料作物的种植，以及海水养殖、内陆养殖等，企业所得可以减半征收企业所得税。
其他税种
农业公司一般免征房产税和土地使用税，但具体情况可能因地区和具体政策而异。
农业企业可能还需要缴纳耕地占用税，具体政策依据相关法规。
印花税方面，主要是实收资本需要缴纳，公司与公司之间的买卖合同也需要缴纳。
需要注意的是，税收优惠政策可能会随政策更新而变化，建议在实际操作中咨询当地税务部门或专业税务顾问以获取最准确的信息。