新生儿的医疗费用可以通过新农合报销，具体流程如下：
办理户籍登记
为新生儿取名并办理户籍登记。
办理城乡居民医保参保登记
携带户口簿和监护人身份证原件到户籍所在乡镇（街道）办理城乡居民医保参保登记。
缴费
根据缴费通知单到指定银行缴费。
办理市民卡
户籍登记满15日后，监护人可到制卡中心办理市民卡。
住院报销
新生儿需要住院才能报销，首先在医院办理住院证，然后前往当地新农合机构开具无卡证明，并交给医院的医保办。出院结算时，可直接使用新农合报销，并支付剩余的治疗费用。
异地就医
如果新生儿在本市无法有效治疗，需要转到市外或省外更高等级医院治疗，需先办理转诊手续，并上传进行备案，然后到市外指定医院就诊，可以异地直接结算。
报销比例和范围
住院费用报销比例和起付线根据不同的医疗机构等级有所不同。例如，乡镇卫生院起付线不低于100元，报销比例不低于50%；县级定点医疗机构起付线不低于200元，报销比例不低于40%；县级以上定点医疗机构起付线不低于400元，报销比例不低于30%。
新生儿参保时间
新生儿在出生3个月以内申报登记新型农村合作医并缴费的，其在申报前发生的医疗费用，市社保中心视同其已经参保并给予医疗报销政策享受的待遇。如果出生后超过3个月才参保缴费，则从缴费次月起享受医疗保险待遇。
其他注意事项
新生儿出生当年产生的医疗费用报销与其母亲合并计算，直至最高封顶线，并以其母亲名义按参保险种的规定报销。
综上所述，新生儿的医疗费用报销需要遵循以上流程和规定，确保在出生后尽快完成相关手续，以便能够顺利享受新农合的报销待遇。